樹木葬には大きく2つに分けて、遺骨を個別に埋葬する方法と複数人の遺骨を同じ区画に埋葬する方法が存在します。
まず遺骨を個別に埋葬する方法の一つに里山型の樹木葬が挙げられます。里山型では山に植樹された樹木の元に埋葬しますが、墓標として植樹される樹木は一般的に個人用のものが多いです。特徴としては、時が経つにつれて墓標である樹木が一見して分からない程里山に溶け込むことや（目印がある場合も多いです）、また里山の保全として環境保護の観点から評価されています。里山型の他には公園型の樹木葬でも個人用の区画が整備されていることもありますが、敷地面積の観点から郊外の霊園が一般的です。
公園型は複数人の遺骨を同じ区画に埋葬する方法を選択する場合に適しています。樹木葬の区画のある霊園内に植樹されたシンボル（樹木）の周辺へ埋葬しますが、合同墓から家族用、夫婦用など様々なスタイルでの埋葬を選べます。

樹木葬に掛かる費用には開きがありますが、一般的に墓石を建てて埋葬するスタイルの墓よりも安い傾向にあります。だいたいの費用では安いもので10万円から高価なもので80万円程度が相場です。
某樹木葬の公園型では、遺骨を個別に埋葬する方法を選択すると50万円程に8千円の管理費（年間）、複数人の遺骨を同じ区画に埋葬する方法では30万円程で、年間管理費の負担はありません。また国内初で樹木葬のスタイルを取り入れた墓地では里山型で初期費用が50万円から、管理費が8千円と前述した公園型の個別埋葬型と同料金です。このように複数人の遺骨を同じ区画に埋葬する方法よりも、遺骨を個別に埋葬する方法に掛かる費用の方が高めの傾向があります。
また樹木葬では利用する人数でも価格が異なる場合や、多くの場合、追加の遺骨を埋葬するには一体目の遺骨に掛かる費用より圧倒的に安い値段で埋葬可能です。

遺骨を個別に埋葬する場合の里山型では、埋葬する山の生態系を崩さないため樹木の選択に制限がある場合もあり、植物が好きな人や墓標にこだわりのある人は、契約前に樹木の種類を確認して下さい。墓地によっては生前契約することで、墓標となる樹木の苗木を生前に植樹し、育って大きくなった樹木の元へ死後埋葬することも可能です。
どのタイプの樹木葬でも共通しますが、現地へ赴き詳しい説明を受けることや樹木葬の環境を自分の目で確認してから契約しましょう。また生前契約をすることで、管理費などが死後に掛からなくなるなどの特典があるプランを販売している場合が多いです。契約時には墓地から提出を求められる書類（本人確認がとれる書類や使用許可願書など）を用意し、費用を支払うと永代使用承諾書が発行されるので大切に保管して下さい。
死後の手続きとしては墓石を墓標にする場合と同じです。区役所や市役所へ死亡届を提出し、埋葬許可証（火葬許可証と一緒になっているケースが多い）の発行がされます。遺体を火葬した後、樹木葬を行う施設へ埋葬をするために連絡を入れます。日取りを決定し、現地で埋葬しますが、この際に埋葬許可証が必ず必要です。

墓石を墓標にする一般的な墓へすでに埋葬を行っている場合に、樹木葬へ埋葬スタイルを変更することが可能です。
この場合は改葬の扱いとなり、現在の墓へ埋葬してある遺骨の取り出しに改葬許可書が必要となりますが、これは埋葬許可書（火葬許可証と一緒になっている場合が多い）に該当します。取り出す遺骨が誰のものであるかを保証するために必要な書類ですので、現在の埋葬地を管轄する役所へ改葬許可申請書を提出し、入手する必要があります。申請には自治体により異なりますが、現在埋葬している墓地の管理者から埋葬の証明となる書類や改葬する先の墓地の名称を記入して貰うことが一般的に必要です。この際に管理者の捺印が必須となるため、樹木葬への改装を希望する際には友好的な交渉を心掛けることが勧められます。
また、同じ霊園や寺院内で樹木葬へ遺骨を移動するには改葬許可書は必要ありません。